リンク・スコフィールドを狙っていたスナイパーを、アレクサンダー・マホーンが
阻止して取り押さえ、携帯電話を奪う。

携帯の情報から、インド大使館に向かうと、ちょうど母が中に入っていった。
母は、インド人に「太陽電池プロトタイプ、淡水化技術」などを売りつける商談を
して帰る。
リンク達も中に入り、母のＳＰのふりをして、母が出て行く時に忘れていったメモ
を大使館の武官からもらって帰る。

そのメモから、同じような研究をしているサンディンスキー博士が空港に到着
するところだということがわかる。

リンク達は空港に行き、サンディンスキー博士を迎えに来ていた母の部下を
射殺して、サンディンスキー博士の身柄を確保する。

つづく。

マイケルはサラと一緒に母のいるマイアミへむかう。

一方、リンクは母と会うが、もう二日待ってくれと言われる。

待てずに会いに行くと、母のチームのスナイパーがリンクに狙いをつける。

母　「撃て」。

つづく。

登場人物についてはこちらを参照。

カンパニーという謎の組織がサラとＬＪを人質にとり、マイケル達にウィスラー（ソナ刑務所に投獄されている因人）を脱獄させるよう強要するというストーリー。

・サラは４話で殺される（リンカーンがサラとＬＪを取り返そうとして失敗したことに対するカンパニーの報復）。
・脱獄に成功したのはマイケルとウィスラーとマホーンの三人（Ｔバック、マーベリック、リチェロは失敗）。
・リンカーンに協力していたスクレは、最終的に壁の中へ逆戻り。
・最終回、マイケルはサラを殺したカンパニーへの復讐へと旅立つ。

ウィスラー逃げ中。

マイケルとリンク、ウィスラーを追いかけて捕まえる。カンパニーに電話して、博物館で人質交換をする。交換が終わり、出たところで警官にとめられる。警官にカンパニーの一人が発砲。弾はソフィアに当たる（病院に運ばれたいしたことない様子）。マイケル、サラの仇のグレッチェンを殺そうと銃を構えるが警官が発砲し断念。ウィスラーとグレッチェン＆カンパニー逃走。マイケルとリンクも逃走。

刑務所内、リチェロ死にかけ（脱走した時に撃たれた傷で重症）。Ｔバッグが金があれば助かるとリチェロに話す。リチェロ携帯で金の用意をする。Ｔバッグ裏切ってリチェロの顔面にクッションを押し当てる。リチェロ窒息死。ベリック、横で見ててビビる。かつてＴバックが助けてあげたシスターが金を持ってくる。Ｔバック、金の一部を受け取り皆にばら撒き、ソナの中で生き延びる地盤を作る（残りの金はシスターに預ける）。

スクレ拷問されるが何も話さず、刑務所の中に逆戻り。
バスケ少年と父親は無事家にたどり着く（ハッピーエンド？）。

マホーン、ウィスラーとBarで落ち合う。グレッチェンがサラを殺したから、これからマイケルに追いかけられるぞと言う。ウィスラー気にせず、来るのかこないのかと微笑む。マホーン、行くと答える。

マイケルとリンクは、ソフィアからアパートのベットの下にウィスラーの秘密があると聞きアパートへ。

ブリーフケースの中にあったのは「ジェイソン・リーフ監視報告書」。

マイケル「ウィスラーに重要なら俺にも重要ってことだ。ウィスラーを見つければグレッチェンも見つけられる」。とめるリンク。三人でやり直すんだろ？・・・
マイケル「サラは殺されたんだ」

車のキーを渡すリンク。走り去るマイケル。

シーズン３　完

脱獄決行。

リンクが電柱を倒し、刑務所の周りの電気が消える。
トンネルから最初の三人（ボス、元所長、義手）が出るが、マイケル達は出ない。予備発電は30秒後起動するとマイケルは言っていたが、実際はもっと早く最初の三人は捕まる。マイケル達は捕まった三人が刑務所内に連れ戻されていくスキに脱走成功（←マイケルの計画通り）。ジャングルを駆け抜け砂浜でリンクと落ち合う。砂浜に埋めてあったものを掘り起こす。

埋めてあったのは小型の「酸素ボンベ」。

追っ手に見つからないように、潜水で沖にあるブイまで泳ぐ。ここにスクレがボートで向かいに来るはずだったが、スクレはまだ刑務所で足止めされていてこれない。そこへバスケ少年の父がボートに乗って登場。ヨットハーバーについたがボートが出航していなかったので、もしやと思い自分が来たとのこと。港でバスケ少年と父はマイケル達と別れる。スクレがこれなかったため、カンパニーの女との時間に間に合わず、カンパニーに襲われる（女から渡されていた時計が発信機で場所がバレていた）。リンクがあらかじめ借りていた小屋に逃げ込む。録音しておいた銃声を流してカンパニーを足止め。その間に裏から逃げて、電話で貸し倉庫での人質交換をカンパニーの女に告げる。貸し倉庫で待っている間に、父の仇の元FBIを殺そうとするリンク。そのスキにウィスラーが車を奪って逃走。元FBIも逃走。

途方にくれるマイケルとリンク・・・

つづく。

トンネル堀り中。

雨が降りはじめ、完成間近のトンネルが崩壊の危機。マイケルは予定をはやめ今夜決行することを決める。夜脱獄するので、照明を落す必要があり、マイケルはそれをリンクに依頼。マイケルは発電機の会社に電話して、どのくらいの時間で電源が予備に切り替わるか聞き出す。仲間に３０秒であると告げる（←嘘）。刑務所の仕事をしていたスクレが捕らえられる（令状が出ているという理由で）。バスケ少年も連れて行くことになる（とくに理由なし）。リンクはバスを乗っ取り、そのバスを電柱にぶつけて刑務所の照明が落ちる。

マイケル「３０秒！ＧＯ！」

つづく。

マイケル達は地下でトンネル堀り継続中。

拳銃を手に入れたサミー（レチェロの手下）が、ボスの座につく。マイケルを自分のとこに連れてきたらラムを１箱やると刑務所内の皆に宣言。レチェロとＴバックは相談し、脱獄の仲間にいれてあげるのを条件に先日の勝利で調子に乗っているベリック（元所長）にサミーと決闘させる。

ベリック、ボコボコにされる。しかし、決闘の最中にマイケル達が地下から上がってくる（マイケルはサミーがボスになったことを知らなかったので）。それを聞いたサミーは決闘中断。サミー達が地下へ。サミーにトンネルを見られる。マイケルが細工をしてサミーの頭上のトンネルが崩れてサミーが生き埋め。レチェロがサミーの死体を皆の前に転がしボスの座へ復帰。

つづく。

マイケル、尋問され中。

マイケルは大佐に全てを話す。ＬＪ（甥）が人質になっていることなど。大佐、カンパニーの女を捕まえ拷問。女は案内するといい、嘘の場所についたところで大佐を殺害。

つづく。